Plan Suomen ylintä päätäntävaltaa käyttää hallitus. Se myös johtaa säätiön taloutta.
Hallituksen kokoonpano
Gunvor Kronman, johtaja (hallituksen puheenjohtaja)
Eva Biaudet, vähemmistövaltuutettu
Pekka Haavisto, kansanedustaja
Kati Ihamäki, Vice President / Sustainable Development
Tuula Kallio, toimitusjohtaja
Kaj Erik Kiljander, KHT, JHTT
Anniina Kontinen, nuorisojäsen
Tauno Kääriä, toimitusjohtaja
Jesca Muyingo, toimittaja
Hallitus kokoontuu 4–6 kertaa vuodessa, ja kukin jäsen saa toimia hallituksessa korkeintaan kahdeksan vuotta.
Hallitus nimittää säätiön päivittäistä johtamista varten pääsihteerin. Plan Suomen pääsihteerinä toimii Riitta Weiste.
Aiemmat hallitukset
Kymmenen toimintavuoden aikana Planin hallitukseen on kuulunut lukuisia merkittäviä suomalaisia.
Hallitusaktiiveita ovat olleet muiden muassa professori Helena Ranta (joka toimii myös nykyisen hallituksen kunniapuheenjohtajana), toimitusjohtaja Pauli Aalto-Setälä, ihmisoikeustutkija Jutta Gras, ekonomi Reino Gunn, kansanedustaja Leena Harkimo, toimitusjohtaja Matti T. Martela, puheenjohtaja Jari Sarasvuo, toimittaja Maarit Tastula ja asianajaja Matti Wuori.